Trabaja con la información disponible en datos.gbif.es utilizando R

Con el objetivo de apoyar a la comunidad científica, que necesita herramientas cada vez más potentes para manejar, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad, hemos configurado el módulo ALA4R en el Portal Nacional de Datos de GBIF.ES.

ALA4R es un paquete de lenguaje de programación en R, originalmente desarrollado por Ben Raymond (Australian Antarctic Division), que permite a la comunidad científica acceder directamente a los datos y recursos alojados en las diferentes infraestructuras de datos de biodiversidad basadas en el Atlas of Living Australia (ALA), como es el caso del Portal Nacional de Datos del Nodo de GBIF España. El paquete habilita el acceso a diferentes tipos de datos, como por ejemplo observaciones de especies, que pueden ser consultados y emitidos en una variedad de formatos estándar que permiten realizar análisis exhaustivos en R.

Para poder acceder a los datos del Portal Nacional a través del paquete ALA4R, son necesarias algunas configuraciones previas, que detallamos a continuación:

server_config <- list(
   max_occurrence_records = 500000,
   server_max_url_length = 8150,
   brand = "ALA4R",
   notify = "Please use https://github.com/AtlasOfLivingAustralia/ALA4R/issues/ or email to support@ala.org.au",
   support_email = "infogbifspain@gmail.com",
   reasons_function = "ala_reasons",
   fields_function = "ala_fields",
   occurrences_function = "occurrences",
   config_function = "ala_config",
   base_url_spatial = "https://geo-ws.gbif.es/layers-service",
   base_url_bie = "https://especies-ws.gbif.es",
   base_url_biocache = "https://registros-ws.gbif.es/",
   base_url_images = "https://images.gbif.es/",
   base_url_logger = "https://logger.gbif.es/service/logger",
   biocache_version = "2.1.15",
   verbose = TRUE,
   download_reason_id = 10,
   caching = "off"
)
if (!"ALA4R_server_config" %in% names(options())) {
   message("\nNo existing ALA4R server config, using Spanish data sources...\n")
   options(ALA4R_server_config = server_config)
} else {
   message("Overwriting existing ALA server config with new...")
   options(ALA4R_server_config = server_config)
}
message("\n*** Successfully loaded .Rprofile ***\n")