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Nodo Nacional de Información en Biodiversidad

Gbif.es » Formación y divulgación » I Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)
Taller
Tipo

En línea

Fecha comienzo Taller

27/11/2018

Fecha fin Taller

11/12/2018

Lugar

modalidad online

A cargo de

Alejandro González (RJB-CSIC) y Julia Chacón (Centro de Investigaciones sobre Desertificación - CSIC, Valencia / INIA)

Idioma

Castellano

Máximo nº de participantes

50

Horas estimadas de dedicación

30

Contacto

infogbifspain@gmail.com

Hashtag

#tallerRonline2018

I Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídetutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 31 de octubre de 2018.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 5 de noviembre de 2018.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los alumnos admitidos para facilitarles el modo de pago para formalizar la matrícula del taller.
  • Realizar ingreso siguiendo los pasos que se indiquen hasta el 12 de noviembre de 2018*.
  • Enviar a infogbifspain@gmail.com el justificante de pago que será la entrada del curso que generará la lanzadera de pago. Esto se explicará en detalle vía email a las personas admitidas.
*Si no se ha recibido el justificante de pago en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

-- evento realizado, materiales disponibles --

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2018

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Documentos Adjuntos

Listado YouTube de vídeos con las lecciones del taller Archivo comprimido con las presentaciones y materiales utilizados durante el taller

Listado de Participantes

Nº Nombre Organización
1 Zorrozua Gamboa Nere Sociedad de Ciencias Aranzadi
2 Torre Casado Salustiano Real Jardín Botánico - CSIC
3 Robles Vallet Carmen María IFAPA (Instituto de Investigación Agraria y Pesquera)
4 Ortiz Díaz Laura Universidad Rey Juan Carlos
5 Muñoz García Joaquín Estación Biológica de Doñana, CSIC
6 Martínez Pérez Sandra CIBIO - Universidad de Alicante
7 Marmaneu Palero José María CIBIO - Universidad de Alicante
8 Maestre Zuazua Zuriñe Sociedad Pública de Gestión Ambiental del Gobierno Vasco (IHOBE)
9 Lorenzo Rodríguez Paula Centre for Functional Ecology - Science for People & the Planet (Universidade de Coimbra)
10 Lijó Pose Gabriel Empresa privada
11 González Rodríguez Luís Universidade de Vigo
12 González Forero Manuela Estación Biológica de Doñana, CSIC
13 Gómez Serrano Miguel Ángel VAERSA / Servicio de vida Silvestre. Conselleria de Agricultura, Medio Ambiente, Cambio Climático y Desarrollo Rural
14 Esquete Garrote Patricia Universidad de Aveiro
15 Elcano Delgado Irene Universidad Autónoma de Madrid
16 Checa Herranz Lucía Universidad Rey Juan Carlos
17 Caro Miralles Elvira Universidad Rey Juan Carlos
18 Instituto Español de Oceanografía (Cádiz)
19 Belda Aguilar Ignacio Universidad Rey Juan Carlos
20 Álvarez Muñiz Clara Universidad Rey Juan Carlos
21 Barberá Sánchez Patricia Missouri Botanical Garden / Real Jardín Botánico - CSIC
22 Rives Pérez Borja Unversidad de Barcelona
23 Zas de Uña Emilia Instituto Español de Oceanografía y Empresa Investigación, Planificación y Desarrollo.
24 Bernardo Nicola Estación Biológica de Doñana - CSIC
25 Vega Ruiz Miguel Ángel GBIF España
26 Gálvez Núñez Ángel Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biología Evolutiva, Universidad de Valencia
27 Lujano Bermúdez Carmen GBIF España
28 Mesquita Joanes Francesc Universitat de València - ICBiBE
29 Butrón Mota Ainhize Sociedad Pública de Gestión Ambiental del Gobierno Vasco (IHOBE)
30 Rincón Rincón Beatriz Universidad de Alcalá de Henares, Grupo de Biodiversidad Marina
31 Mora Mayoral Berta Universitat de Barcelona
32 Vila Bonfill Albert Parque Natural de les Capçaleres del Ter i del Freser
33 Quirce Vázquez Cinta CIBIO - Universidad de Alicante
34 Aparicio Sánchez José Ignacio Doctorando
35 Cezón García Katia GBIF España
36 Alonso Felpete José Ignacio Universidad de Oviedo