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Gbif.es » Formación y divulgación » IV Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)
Workshop
Type

En línea

Workshop start date

08/10/2021

Workshop end date

26/10/2021

Place

modalidad online

Trainers

Alejandro González (RJB-CSIC) y Julia Chacón (INIA)

Language

English

Maximum number of participants

30

Estimated duration

30

Contact

info@gbif.es

Hashtag

#tallerRonline2021

IV Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

El taller es parte del programa de cursos de especialización del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, que extenderá un certificado de aprovechamiento del mismo para aquellos/as alumnos/as que superen los objetivos marcados.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídeo tutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 13 de septiembre de 2021.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 16 de septiembre de 2021. Debido al enorme volumen de solicitudes recibidas para este taller, la fecha de publicación del listado de alumnos/as se retrasa hasta el 21 de septiembre de 2021.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los/as alumnos/as admitidos/as para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 26 de septiembre de 2021*.
*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo, puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

-- evento realizado, materiales disponibles --

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2021

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Documents of Interest

Materiales completos utilizados durante el taller (SCORM) Vídeos con las lecciones del taller (lista YouTube)

List of participants

Nº Name Organization
1 Boldú Xavier Centre d'Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC)
2 Royo Marí Laura Taib-medgardens-IMEDEA
3 Alonso Moreno Cristina Instituto Español de Oceanografía - C.O. Murcia
4 Cojan Burgos Miguel Instituto Español de Oceanografía - C.O. Cádiz
5 Oliva Pérez Silvia Universidad de La Laguna
6 Salinas Bossa Paula Yesenia Universidad Distrital Franciso José de Caldas (Colombia)Sánchez Guzmán
7 Denham Silvia Instituto de Botánica Darwinion-Conicet (Argentina)
8 Barciela Torres Consolación Universidad Pablo de Olavide
9 Rodríguez Riaño Tomás Universidad de Extremadura
10 Estrada Castillo Sandra Milena Universidad del Magdalena (Colombia)
11 Sánchez Guzmán Jessica Nathalia Universidad Tolima (Colombia)
12 Nebot Escrigues Anna Jardí Botànic Universitat de València
13 González Domínguez Beatriz Real Jardín Botánico Juan Carlos I
14 Minoli Ignacio Observatorio de Biodiversidad del Bosque Atlántico (OBBA) Instituto de Biología Subtropical (IBS) - Nodo Iguazú - Unidad Ejecutora del CONICET (Argentina)
15 Cristobal Luciana María Instituto de Biodiversidad Neotropical (CONICET-UNT) (Argeninta)
16 Abadía Torrecilla Patricia Gobierno de Aragón
17 Ortega Segalerva Alba Museu de Ciències Naturals de Barcelona
18 Burguera i Martín Carles Jardí Botànic Marimurtra
19 Alcalá Herrera Rafael Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC)
20 Casado Coy Nuria Universidad de Alicante
21 Fortuño Estrada Pau Freshwater Ecology, Hydrology and Management (F.E.H.M.) Research Group - Universitat de Barcelona
22 Madurell Teresa Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC)
23 de la Cruz Calleja Ana Carmen Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA)
24 Arechavaleta Hernández Manuel Gobierno de Canarias
25 Ariza Molina María Jesús Herbario de la Universidad de Sevilla
26 Rubio Teso María Luisa Universidad Rey Juan Carlos
27 Cabezas Fuentes Francisco José Universidad Complutense de Madrid
28 Sempere Rodríguez María del Rosario Estación Biológica de Doñana (EBD-CSIC)
29 Giménez Luque Esther Centro de Investigación de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería (CECOUAL)