Taller GBIF.ES: Bases de datos de colecciones y GenBank
Descripción:
El avance de los estudios de biodiversidad de la mano de las técnicas moleculares y nuevos enfoques ecológicos en tiempos recientes ha sido espectacular. Sin embargo, la falta de procedimientos y prácticas para hacer las conclusiones de estos estudios revisables, pone en cuestión la solidez y validez científica de los mismos en muchos casos. En este contexto, la importancia de los ejemplares de colecciones como pilar del método científico en estos estudios es cada vez más reconocida y aceptada. Esta situación es una oportunidad para las colecciones, si al publicar sus datos en línea lo hacen con enlaces al GenBank y si colaboran con los repositorios de GenBank para que desde los mismos se enlacen a los ejemplares de respaldo. El cómo hacerlo es el objeto de este taller.
Programa
Martes 25 de marzo de 2014
09:30 - 10:00
- Bienvenida e introducción al curso
- GBIF y la información primaria sobre biodiversidad
10:00 - 11:00
- Qué es el GenBank - Isabel Rey (MNCN)
- Qué son las colecciones de tejidos y ADN - Isabel Rey (MNCN)
11:00 - 11:30 Pausa café
11:30 - 13:30
- El papel de las colecciones de historia natural en los estudios moleculares - María Paz Martín (RJB)
- La iniciativa "Barcode of Life" y las colecciones - Francisco Pando (GBIF.ES)
13:30 - 15:00 Pausa comida
15:00 - 17:00 (30' para café)
- Implicaciones para las colecciones. Muestreos destructivos
- Principios generales y colecciones botánicas - Mauricio Velayos (RJB)
- Aspectos específicos de las colecciones zoológicas – Isabel Rey (MNCN)
- Debate: el tema de los materiales testigo, su citación: buenas y malas prácticas
Miércoles 26 de marzo de 2014
9:30 - 11:00
- Las bases de datos del GenBank (presentación estructura, información que contiene, identificadores) - Francisco Pando (GBIF.ES)
- Cómo tratar la información molecular en las colecciones de HN y sus implicaciones en los procedimientos de trabajo y sus bases de datos - Isabel Rey (MNCN) y Francisco Pando (GBIF.ES)
11:00 - 11:30 Pausa café
11:30 - 13:00
- Cómo colaborar con GenBank para enlazar la información de las secuencias con las bases de datos en línea de las colecciones - Francisco Pando (GBIF.ES)
13:00 - 13:30 Discusión final, evaluación y cierre del taller
Attached Documents
01.-Qué es GenBank - Isabel Rey - (Video en YouTube) 02.-Colecciones de tejidos y ADN - Isabel Rey - (Video en YouTube) 03.-El papel de las colecciones de historia natural en los estudios moleculares - María Paz Martín - (Video en YouTube) 04.-La iniciativa "Barcode of Life" y las colecciones de historia natural - Francisco Pando - (Video en YouTube) 05.-Muestreos destructivos: principios generales y colecciones botánicas - Mauricio Velayos - (Video en YouTube) 06.-Muestreos destructivos: aspectos específicos de las colecciones zoológicas - Isabel Rey - (Video en YouTube) 07.-Las bases de datos del GenBank - Francisco Pando - (Video en YouTube) 08.-Cómo colaborar con GenBank para enlazar la información de las secuencias con las bases de datos en línea de las colecciones - Francisco Pando - (Video en YouTube) 09.-Ejercicio práctico: cómo hacer linkouts desde GenBank a nuestra base de datos en línea - Francisco Pando - (Video en YouTube)Documents of Interest
01.- Guión de prácticas (.docx) 02.- Ejemplo tabla linkout.mdb (.zip) 03.- Archivo MAFungiAccessions.ft (.zip) 04.- Archivo MAFungiGenbank.ft (.zip)
List of participants
| Nº | Name | Organization |
|---|---|---|
| 1 | Fernández García Marta | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 2 | Benhadi Marín Jacinto | Centro de Investigação de Montanha - Instituto Politécnico de Bragança - Portugal |
| 3 | Ros Díaz Rosa María | SERVET Formación CB |
| 4 | Cano Cabezas Emilio | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 5 | Moreno Casado Carlos Jaime | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 6 | Calvo Revuelta Marta | Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC) |
| 7 | López Errasquin Elena | Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC, Madrid) |
| 8 | García Martín Joaquina María | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 9 | Mattos Reaño Jean | Museo de Historia Natural de Lima - Perú |
| 10 | Fernández López Javier | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 11 | García Cancela Ramón | CENTRO OCEANOGRÁFICO DE MÁLAGA DEL INSTITUTO ESPAÑOL DE OCEANOGRAFÍA |
| 12 | Ariza Molina María Jesús | Universidad de Sevilla, Dpto. Biología Vegetal y Ecología. [Herbario] |
| 13 | García Ibáñez Eva | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 14 | Baranda Ortiz María Concepción | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 15 | Lumbreras Corujo Ana | Universidad de Evora - Portugal |
| 16 | Herrero Nieto Alberto | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 17 | Noya Santos Rosario | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 18 | García San León David | Universidad de Santiago de Compostela, Laboratorio de Botánica, Fac. Farmacia. [Herbario] |
| 19 | Nualart Dexeus Neus | Instituto Botánico de Barcelona (CSIC - Ayuntamiento de Barcelona) [Herbario] |
| 20 | Dueñas Carazo Margarita | CSIC-Real Jardín Botánico |
| 21 | Sánchez Chillón Begoña | Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC) |
| 22 | García Franquesa Eulàlia | Museo de Ciencias Naturales de Barcelona (MCNB) |
| 23 | Montagud Alario Sergio | Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva |